R. Várkonyi Ágnes 1928. február 9-én született Salgótarjánban. Egyetemi tanulmányait 1947-ben kezdte meg az akkori Pázmány Péter Tudományegyetemen, amely három évvel később vette fel Eötvös Loránd nevét. Magyar-történelem-levéltár szakon végzett. Szakterülete a 16-18. századi Magyarország története, a történetírás története és történeti ökológia volt. Főbb művei közé tartozik a Vak Bottyán, Két pogány közt, Rákóczi-tükör I–II., A fejedelem gyermekkora, Európa Zrínyije, A megosztottság évszázada 1526-1606, Zrínyi Ilona, A Rákóczi-szabadságharc Európában, A Pelikán a fiaival, A tűzvész tanúi.
Az ELTE Bölcsészettudományi Karán 1998-ig dolgozott a középkori és kora újkori magyar történeti tanszéken. 2013-ban az MTA rendes tagjává választották. Levelező tagja volt a brit Királyi Történeti Társaságnak. A Századok című történelmi szakfolyóirat szerkesztője, a Liget Műhely meghatározó alakja volt. Kétszer, 1965-ben és 1987-ben kapta meg az Akadémiai Díjat, 1998-ban Szent-Györgyi Albert-díjjal tüntették ki, 2000-ben átvehette a Széchényi-díjat, 2003-ban pedig a Magyar Köztársasági Érdemrend középkeresztjét.
„Generációm egyetemi évei arra az időre estek, amikor a hatalom erőszakkal megszakította a tanulmányok külföldi utakkal való befejezésének évszázados hagyományát, s a nyugati határ menti városokba is csak rendőrségi engedéllyel mehettünk" – írta a fenti sorokat A tűzvész tanúi című munkájában, amelynek az ajánlása így szól: „Ajánlom ezeket az írásokat Tacitusnak, aki meggyőzött, hogy számíthatunk az utókor megértésére, ajánlom Babitsnak, aki szakadatlanul figyelmeztet, hogy Magyarország története nem eshet ki a közös európai emlékezetből. És ajánlom általában mindenkinek, akik tanítottak és ösztönöztek a történeti látás izgalmas örömeire. Élőknek és holtaknak, néhány hazai és határainkon túli barátomnak.”
R. Várkonyi Ágnes 2014. december 13-án, 86 éves korában hunyt el. A brit irodalom elismert kutatójának, Ruttkay Kálmánnak az özvegye volt.