Mindig is fontos volt a Škoda számára a motorsport, így amikor a Favorit sorozatgyártása megindult, a versenyistálló már a Group A szabályoknak megfelelően épített raliautón dolgozott. A Škoda 136L Rally Special (750 kg, 120 LE) 1989. január 1-jén kapta meg a homologizációt, pár nappal később pedig már rajthoz is állt a Wallach Winter Rally-n. Az 1994 januárjában megrendezett 62. Monte Carlo Rally-n a 2000 köbcenti alatti, kétkerékhajtású autók kategóriáját megnyerte az autó – ez volt a Škoda gyári istálló 4. győzelme ezen a futamon –, a Pavel Sibera/Petr Gross páros az összetett 20. helyet szerezte meg, kategóriájukban második a szintén a Favorit 136L-lel induló Vladimír Berger/Pavel Štanec páros lett, a harmadik helyezett 20 perc lemaradással követte a cseheket. Az 1994-es évad végén ért véget a gyári raliprogram – privát csapatoknak a Felicia Kit Car-t kínálták –, amely 1999-ben folytatódott az Octavia WRC-vel.

Akkor döntött a ralisport világába való visszatérésről a Škoda Motorsport, amikor 1997-ben meghirdették a World Rally Car szabályzatot, a döntés meghozását követően 1 év alatt fejlesztették ki és tesztelték le az Octavia WRC-t, ami pontosan 25 évvel ezelőtt, az 1999-es Monte Carlo Ralin debütált. A 2,0 literes turbómotor hengerenként 5 szelepes hengerfejet kapott, teljesítménye a szabályoknak megfelelően 300 LE, nyomatéka első körben 500 Nm volt – az év végére már 600 Nm-t tudott a blokk –, a tömeg a szabályoknak megfelelően 1230 kg. 1999-2003 között 1 dobogós helyezést szerzett az autó (2001 Safary Rally, Armin Schwarz, 3. hely).

2003-ban jött a Fabia WRC, amelynek a hosszát új lökhárítókkal növelték 4 méter fölé, a 2,0 literes, hengerenként 4 szelepes turbómotor 300 LE/600 Nm teljesítményű, az erőátvitelben 6 fokozatú szekvenciális váltó és 3 aktív differenciálmű dolgozott. A Fabia WRC még annyi babért se szerzett, mint az Octavia, Colin McRae egy 7. helyet autózott össze a 2005-ös Wales Ralin, a gyár 2005-ben kivonult a ralisportból, de 2 privát csapat Fabia WRC-jének technikai támogatást biztosított a 2006-2007-es szezonokban.

2009-ben jött a második generációs kisautó alapján épített Fabia S2000 versenyautó, amivel a WRC és IRC bajnokságokban is indulni lehetett. Az évek alatt 63 versenyautót épített a gyár, amelyek 50 nemzeti és nemzetközi bajnokságot nyertek; ebből a sikerből a gyári pilóták, Juho Hänninen, Jan Kopecký és Esappeka Lappi is kivették a részüket. Andreas Mikkelsen lett a 2011-es IRC-világbajnok a Škoda UK Motorosport által felkészített autóval.

A 2015-ös szabályváltozások alapján az S2000 helyére az R5-ös kategória lépett, így kifejlesztették a Fabia R5-öst. Az 1,6 literes turbómotor 282 LE/420 Nm-t tud, ami 5 fokozatú szekvenciális váltón keresztül hajtja a kerekeket. Az autó a valaha volt legsikeresebb raliautó lett, az évek során a különféle evolúciós változatokból (Fabia R5, Fabia R5 Evo, Fabia Rally2 és Fabia Rally2 Evo) több mint 450 példányt építettek.

2023-ban debütált a Fabia RS Rally2, amelynél javítottak a biztonságon (6 rétegű karbon-kevlár cella védi az utasokat), a megbízhatóságon, az aerodinamikai teljesítményen. Andreas Mikkelsen 4 győzelemmel és 1 harmadik helyezéssel nyerte meg a WRC2 világbajnokságot 33 pontos előnnyel. A 2024-es szezonra továbbfejlesztett üzemanyagellátó-rendszerrel (megújuló forrásból származó benzin is használható), bioműanyagokkal fejlesztették tovább a versenyautót.